Xenosaga is het meest ambitieuze project van Monolith Software, een groepje ontwikkelaars die zich afscheurde van Square na het maken van Xenogears omdat het spel niet in Europa uitkwam zoals zij wensten. Bij Namco gingen ze een zesdelige RPG reeks maken die wereldwijd zou uitkomen.

Xenosaga Episode III: Also Sprach Zarathustra zal echter het laatste deel van de game worden. De game speelt zich een jaar na Xenosaga II af en Shion Uzuki en haar vrienden blijven in de hoofdrol. JR, KOS-MOS en Ziggy zullen al zeker meespelen. Nadat Shion ontslag nam aan het eind van deel 2, gaat ze samenwerken met de ondergrondse organisatie Scientia dat de fouten van Vector Corporation aan het licht wil stellen. Deel 3 zou de objectieven van de Vector Corporation moeten onthullen. De gevechten zullen weer uit twee soorten bestaan, Character en Mech Battles.