In Japan zijn robots zeer populair, het land is ook het meest geavanceerd op het gebied van robotica. Men droomt er van een toekomst waarin de robots werken en de mens geniet. In Europa zijn robots minder populair. Voor de relatief kleine groep fans bracht Konami echter wel de twee Zone of Enders games naar Europa. Bedankt Konami.

De Jehuty is een zeer machtige Frame, en de strijd in Zone of the Enders gaat deels over de controle over Jehuty. Er zijn echter nog andere zeer machtige Orbital Frames, die allemaal de naam van een Egyptische godheid dragen. Dit zijn de vijandige Frames Neith en Anubis, die worden bediend door leden van het kwade BAHRAM. Jehuty, Neith en Anubis zijn allemaal unieke Frames, waar er maar één van is, en die ook vele malen krachtiger zijn dan de Mass Produced Orbital Frames. Voorbeelden van vijandige Mass Produced Orbital Frames van BAHRAM zijn de Cyclops, de Mummyhead (Egyptisch) en de Raptor. De "good guys" in het spel, de United Nations Space Force, heeft ook vechtrobots; de logge, onbehendige, lopende LEV's, die geen partij zijn voor BAHRAM's leger. Al deze Orbital Frames zijn prachtig ontworpen door Shinkawa Yoji, die ook Metal Gear REX en Metal Gear RAY ontwierp, de prachtige robots uit de Metal Gear Solid games.

Jehuty in gevecht met een "unmanned mass produced Orbital Frame": de Raptor

Verhaal: een jongetje ontdekt zijn lot
Tegen deze Science Fiction achtergrond speelt het persoonlijke verhaal van Leo Stenbuck zich af, een klein jongetje op de ruimtekolonie Antilia... een Ender. Op zijn kunstmatige wereld staat in het geheim een hypermoderne Orbital Frame opgeslagen; Jehuty. Dit is een gewild wapen, dat beide strijdende partijen graag zouden willen inzetten in de oorlog op Mars. Op Mars strijden de opstandige BAHRAM en de United Nations Space Force tegen elkaar. BAHRAM voert in het begin van het spel een aanval uit op het ruimtestation Antilia, om Jehuty in handen te krijgen.

Leo Stenbuck leeft in de marge van de samenleving, en hij is net bezig met het doorzoeken van vuilnis op voedsel en geschoffeerd, en voor Boy of Ender uitgescholden te worden als de aanval begint. De arrogante Aardlingen die hem een moment geleden nog schoffeerden, vinden de dood in de eerste explosies. Leo weet te ontkomen, en vlucht een hangar in. Daar vindt hij een gigantische robot. Hij heeft echter geen tijd het prachtige gevaarte op zijn gemak te bewonderen, want de vijand heeft ook de hangar binnen weten te dringen. Een aanval ontwijkend, valt hij per ongeluk in de besturingsmodule van Jehuty.

Het besturingsprogramma van Jehuty, genaamd ADA, wordt automatisch opgestart. Dit met een monotone vrouwenstem, sprekende geavanceerde navigatiesysteem is eigenlijk ook een personage in het spel. Leo en ADA communiceren veel met elkaar, niet alleen over gevechtsdata, maar ook over waarden. De speler ontdekt dat de waarden van ADA, een computer van een gevechtsrobot, zeer veel afwijken van de waarden van Leo Stenbuck, een gemarginaliseerd, verlegen en treurig jongetje, dat zijn hart op de goede plaats heeft.
Leo blijkt talent te hebben voor het besturen van een Orbital Frame, want de gevechten waar hij onwillekeurig in verzeild raakte, weet hij met gemak, maar met tegenzin te winnen. Dan legt Elena Weinberg contact met hem, die het allemaal heeft gade geslagen. Elena is "Second in Command" van het non-militaire vrachtschip Atlantis. Zij dringt er bij hem op aan dat hij de Orbital Frame Jehuty aflevert bij Atlantis, zodat zij het naar Mars kan brengen om te participeren in de oorlog. Met zeer veel tegenzin en met de garantie dat hij niemand wil vermoorden, stemt Leo toe. Met dit motief doorkruist Leo met Jehuty heel Antilia, waarbij hij tegelijkertijd ook zijn eigen agenda wil uitvoeren. Als er bijvoorbeeld ergens mensen gered moeten worden, dan kun je ervoor kiezen om neer te dalen uit de Overworld van Antilia om een sidequest te doen.