Met Halo 3: ODST lanceert Microsoft dra een nieuwe Halo game welke het verhaal weer verder zal uitbreiden. Ondertussen is een groot deel van de gamers het volledige Halo reeds vergeten. Wij blikken daarom terug op het volledige verhaal van Halo.

Tijdens deze ceremonie duiken er plots enkele Covenant schepen op die proberen de verdediging van de Aarde uit te schakelen via bommen. Master Chief kan de bommen gelukkig uitschakelen met de hulp van Cortana, maar de problemen zijn niet voorbij. Eén van de Covenant schepen vliegt rechtstreeks naar New Mombasa en Master Chief krijgt de opdracht om het schip te achtervolgen met een UNSC schip genaamd In Amber Clad. De Covenant aanval wordt gestopt, maar het schip kan ontsnappen via de slipspace. Ten gevolge van de schokgolf van deze sprong wordt New Mombasa echter volledig vernietigd. Het UNSC schip met Master Chief aan boord kan de schokgolf vermijden door zelf een sprong te maken. Door deze sprong belandt In Amber Clad bij de Delta Halo, een andere Halo structuur. Hier ontdekt hij waarvoor de Covenant de Halo's bewaren. Op deze Halo moet hij samen met de dochter van kapitein Keyes op zoek naar de Index om de activering van de Halo te vermijden.

Daarna schakelt de actie over naar de Arbiter die wordt gepromoveerd tot Arbiter waarbij hij meteen zijn eerste missie krijgt. Hij moet een Covenant vermoorden die niet gelooft in de mening van de profeten. Hierdoor begint hij echter zelf te twijfelen aan zijn eigen geloof en tijdens verdere missies ontdekt hij waarvoor de Halo's gebruikt worden. Om deze reden kiest de Arbiter de kant van Master Chief, de persoon die al zijn plannen tot voorheen had gedwarsboomd. Samen komen ze een Flood wezen genaamd Gravemind tegen dat hen beveelt om elk een andere kant op te gaan om te voorkomen dat de Delta Halo wordt geactiveerd. Ondertussen besloten de profeten om de beveiliging van de Delta Halo over te laten aan de Brutes in plaats van aan de Elites waardoor er een burgeroorlog ontstaat tussen de Brutes en de Elites.

Door het tumult van deze oorlog slaagt Master Chief erin om verschillende profeten te doden. De enige overblijver Truth weet te ontsnappen via een Forerunner ruimteschip, maar hij merkt niet dat Master Chief ook aanwezig is in het ruimteschip. Met hem aan boord vliegt Truth naar de Aarde. De game eindigt met een open einde waarbij Master Chief en Truth elkaar confronteren. In Halo: Uprising dat zich afspeelt na Halo 2, wordt de confrontatie verder uitgewerkt. De strip toont dat Master Chief wordt overmeesterd door de Covenant. Zij ondervragen hem, maar tijdens die ondervraging weet hij te ontsnappen door een verborgen wapen te gebruiken. Dan probeert Master Chief om de Covenant leider Prophet of Truth te verslaan, maar hij wordt ontdekt voor hij kan schieten. Truth kan ontsnappen terwijl Master Chief zijn bewakers doodt. Uiteindelijk springt Master Chief van het Forerunner schip.


Miranda Keyes, Cortana en de Arbiter zorgen er ondertussen samen voor dat men de Halo niet kan opblazen. Ze waren echter wel bijna te laat, de Brutes waren er namelijk in geslaagd om de Inde in de Halo te plaatsen. Hierdoor werden alle andere Halo's in stand-by geplaatst wat ervoor zorgt dat ze van een afstand geactiveerd kunnen worden. De missie van de aarde om de Halo's uit te schakelen is dus een stuk moeilijker geworden. Op Mars wordt kolonel James Ackerson gefolterd door Covenant troepen waarbij hij verraadt dat er zoiets bestaat als 'The Key of Osanalan' en dat deze sleutel zich bevindt in Cleveland, Ohio. Het verhaal schakelt hierna over naar Cleveland dat aangevallen wordt door de Covenant. Tijdens deze aanval volgen we conciërge Ruwan die een vrouw ontmoet, namelijk Myras Tyla. Samen met duizenden anderen worden ze gevangen en in een honkbalstadion gestuurd.

In dat stadion bevelen de Covenant de mensen om te vertellen waar de sleutel zich bevindt. Zoals de meeste mensen weet Tyla van niets, maar Ruwan weet exact wat de sleutel is. Hij besluit daarom te ontsnappen en neemt Tyla mee. Tijdens hun vlucht onthult Ruwan dat de sleutel een fictief object is dat zijn broer verzon toen hij een kind was. Zijn broer, James Ackerson, vertelde de Covenant over de sleutel om de vernietiging van Cleveland te vermijden. Ruwan en Tyla worden gered door de mariniers en Ruwan onthult de geheimen van de sleutel aan de UNSC. Dan bedenkt hij een plan om de 'sleutel' aan de Covenant te geven, wat uiteindelijk ook gebeurt. Tegen de Covenant onthult hij dan zijn plan, namelijk dat hij een tracker is voor een UNSC bom die het schip vernietigt. Eens hij dat ontdekt, wordt kolonel Ackerson onthoofd. Ondertussen schrijft Tyla een lied over Ruwan.

Op deze manier eindigt het verhaal van Halo 2 en Halo: Uprising, waarna Halo 3 kan beginnen. Na zijn ontsnapping crasht Master Chief in de Afrikaanse jungle waar hij wordt opgehaald door Avery Johnson, de Arbiter en een hoopje mariniers. Samen reizen ze door de jungle tot ze Covenant troepen ontdekken. Op dat moment besluit Johnson om de groep in twee te splitsen waarbij de Master Chief en de Arbiter samen reizen. De andere groep weet vele Covenant te doden waarna ze gevangen genomen worden door een groep Brutes. Master Chief en Arbiter weten hen echter te bevrijden waarna ze opgehaald worden door een Pelican. De Pelican transporteert hen naar het Crow's Nest dat de lokale basis voor de UNSC is. Hier leggen Commander Miranda Keyes en Lord Hood hun laatste plan uit om ervoor te zorgen dat de Covenant het Forerunner artefact dat ze vonden onder New Mombasa, niet kunnen activeren.