Met Halo 3: ODST lanceert Microsoft dra een nieuwe Halo game welke het verhaal weer verder zal uitbreiden. Ondertussen is een groot deel van de gamers het volledige Halo reeds vergeten. Wij blikken daarom terug op het volledige verhaal van Halo.

Master Chief slaagt erin om de Index te vinden waarna hij terug keert naar het controlecentrum waar Cortana hem waarschuwt voor de activering van de wapens. De Halo Array zou namelijk in staat zijn om al het leven in het universum te doden waardoor de Flood effectief uitgeroeid zouden worden. Master Chief zou dit het liefst ten alle koste willen vermijden en daarom moet hij in zijn eentje de Flood uitroeien, terwijl ook de Covenant en de Sentinels (Forerunner robots) hem aanvallen. De beste manier hiervoor is de vernietiging van de Halo en daarom besluit Master Chief om de Pillars of Autumn op te blazen. De ontploffing van de Pillars of Autumn bleek uiteindelijk voldoende om Halo 04 en iedereen op de kolonie te vernietigen. Master Chief en Cortana slaagden er wel in om op het laatste moment te ontsnappen via een klein ruimteschip. Zij zijn echter niet de enige overlevenden, ook Guilty Spark weet te ontsnappen.

In Halo: First Strike worden de gebeurtenissen voor en na Halo beschreven. Het boek begint met het feit dat enkele Spartanen de aanval op de Reach hebben overleefd door ondergronds te gaan. Daar komen ze Dr. Catherina Halsey tegen, de wetenschapster achter het Spartan-II project. Samen ontdekken ze Forerunner technologie (in de vorm van een kristal) onder de basis van de UNSC op de Reach. Ze namen dit kristal mee en ze wachtten tot ze opgepikt werden. Dit gebeurt op 7 september 2552. Daarna schakelt het boek over naar Master Chief die ontsnapt aan Halo, dit gebeurt op 22 september 2552, amper drie dagen na de crashlanding van de Pillars of Autumn op Halo 04. De Longsword met Master Chief aan boord vindt al snel een ander ruimteschip met enkele overlevenden van de Pillars of Autumn aan boord, waaronder Linda-058, een andere Spartan.


De overlevenden waren erin geslaagd om een ruimteschip van de Covenant te overmeesteren, namelijk de Ascendant Justice, en ze hebben deze teruggebracht naar de Aarde. Naar de regels van het Cole Protocol zijn ze natuurlijk eerst naar de vroegere UNSC basis op de nu vernietigde planeet Reach gevlogen zodat men zeker wist dat de Covenant hen niet volgden. Master Chief die meevloog met de Ascendant Justice had nog een reden om naar de Reach te vliegen, hij voelde zich namelijk schuldig omdat er zoveel Spartanen onder zijn bevel zijn gestorven op de Reach en hij hoopte overlevenden te vinden. Die hoop kwam uit want al snel ontving hij radiosignalen die erop wezen dat enkelen het overleefd hadden. Het Forerunner kristal dat de Spartanen gevonden hadden, bleek ook nuttig te zijn. Het kristal heeft hen namelijk door de tijd getransporteerd van 7 naar 23 september zodat ze Master Chief konden tegenkomen en niet vroegtijdig stierven.

Ondertussen hadden de Covenant de Aarde ontdekt en ze stuurden een vloot op de planeet af. De Covenant wisten echter niet dat de Aarde de thuisplaneet was van de mensheid, ze geloofden enkel dat het een belangrijke Forerunner planeet was. Gelukkig bestond de vloot maar uit vijftien schepen waardoor de verdediging van de Aarde niet faalde. Tijdens deze aanval op Aarde, op 20 oktober 2552 vindt Halo 3: ODST plaats. In deze game besturen we verschillende Marine Orbital Drop Shock Troopers die proberen om de Aarde te redden. Omwille van de aanval op de Aarde konden Master Chief en de andere overlevenden op Reach niet terugkeren naar de Aarde met de Ascendant Justice. Om deze reden besluiten ze de Ascendant Justice naar een andere kolonie te brengen. Tijdens het transport slaagt Dr. Halsey erin om één van de Spartanen te ontvoeren om haar te gebruiken in een experiment op de planeet Onyx, een experiment dat een belangrijke rol speelt in de Ghosts of Onyx.

Ze had echter geen kwaad op het oog, voor ze vertrok gaf ze het Forerunner kristal zelfs aan een andere militair. Na het veilige transport van de Ascendant Justice besloten Master Chief en de andere Spartanen om de Aarde te helpen in hun strijd tegen de Covenant. Ze reisden naar het rendez-vouspunt van de Covenant om het aan te vallen en de aanval op de Aarde te verstoren. Ze slaagden erin om het controlestation (Unyielding Hierophant) van de Covenant uit te schakelen, maar dat deerde de Covenant niet. Uiteindelijk werden de Covenant verslagen door een valstrik. Men deed de Covenant geloven dat het Forerunner kristal aan boord was van de Ascendant Justice waardoor alle troepen van de Covenant dat schip achterna gingen. De UNSC was zo slim om de Justice dan op een koers naar de Unyielding Hierophant te sturen, waarna ze het station opbliezen waardoor de hele vloot vernietigd werd. Na de ontploffing waren enkel John-117 (Master Chief), Fred-104, Linda-058, Will-043, Sergeant Johnson en Cortana nog in leven.


De Covenant waren natuurlijk woedend door de zware verliezen die ze hadden geleden en daarom besloten ze om de Covenant Elite te straffen die het bevel gaf om de Pillars of Autumn niet te vernietigen en om de Ascendant Justice achterna te gaan. Er werd besloten om een rechtzaak te organiseren voor deze Elite, die later de Arbiter zou worden, op de High Charity. Deze rechtszaak is het begin van Halo 2. Deze Elite wordt veroordeeld en gemarteld waarna het Mark of Shame in zijn huid gebrand wordt. Hier wordt ook duidelijk waarom de Covenant de Halo willen activeren, ze willen het universum bevrijden van alle mindere levensvormen en ze hopen op deze wijze de Forerunners achterna te gaan om te leven op een plaats waar ze zouden beschouwd worden als goden. Terwijl de Arbiter wordt gestraft door de Covenant, wordt Master Chief op Aarde geëerd voor zijn sterke prestaties.