Met Halo 3: ODST lanceert Microsoft dra een nieuwe Halo game welke het verhaal weer verder zal uitbreiden. Ondertussen is een groot deel van de gamers het volledige Halo reeds vergeten. Wij blikken daarom terug op het volledige verhaal van Halo.

Halo Wars begint in 2531 wanneer het ruimteschip Spirit of Fire wordt uitgestuurd naar de planeet Harvest waar kapitein James Gregory Cutter ontdekt dat de Covenant nog steeds actief zijn op de planeet. De Covenant hebben iets gevonden op de Noordpool van Harvest en zijn nu bezig met het opgraven van wat ze gevonden hebben. Later vallen de Covenant het UNSC hoofdkwartier van Harvest aan en ze slagen erin om het te veroveren. Cutter beveelt zijn Sergeant John Forge om de Covenant opnieuw te verdrijven uit het hoofdkwartier van de UNSC, wat ook lukt. Later verkent de marinier Forge de opgraving van de Covenant waar hij ontdekt dat de Covenant onder de leiding van een Arbiter een Forerunner gebouw opgraven om het te vernietigen. De Arbiter is een bekend personage in de Halo serie, maar het gaat hier om een andere Arbiter.

Arbiter is namelijk een rang die wordt gegeven aan een krijger die zijn volk ten schande heeft gemaakt en nu moet boeten voor zijn zonden. Forge en zijn troepen slagen er gelukkig in om de Covenant te stoppen. Hierdoor blijft de Forerunner faciliteit bewaard zodat professor Ellen Anders het kan onderzoeken. Zij reist met de Spirit of Fire mee om de Forerunner technologie te onderzoeken. Zij ontdekt dat het gaat om een kaart met coördinaten voor de UNSC kolonie Arcadia. Nadat Forge en zijn troepen de Covenant nog een keer stoppen op Harvest, reist de Spirit of Fire inclusief volledige crew naar Arcadia waar de Covenant ook zijn binnengevallen. Op deze kolonie contacteert Forge de lokale Spartans waarmee hij samenwerkt om de inwoners van de planeet te evacueren. Ondertussen bouwen de Covenant een gigantisch schild om te verbergen dat ze een nieuwe superwapen bouwen, namelijk een Scarab.

Door middel van experimentele wapens slaagt de UNSC er echter in om zowel het schild als de Scarab te vernietigen. Hierdoor wordt de Arbiter gedwongen om te vluchten, maar hij ontvoert tegelijk Anders. De crew van de Spirit of Fire keert terug naar hun schip en ze volgen het signaal van Anders naar een onbekende planeet in een ander sterrenstelsel. Op deze planeet worden ze aangevallen door de Flood die alles willen vermoorden dat op hun planeet komt. Gelukkig weet de Spirit of Fire te ontsnappen aan de Flood door per ongeluk een Forerunner ruimtestation te activeren. Hierdoor landen ze in de binnenkant van de planeet waar ze ontdekken dat het gaat om een holle planeet waar zich een volledige Forerunner ruimtevloot bevindt. De binnenkant van de planeet is zelfs leefbaar dankzij een artificiële zon. De planeet is namelijk een Shield World, een soort bomkelder voor de Forerunner.


De Covenant slagen erin om deze schepen te activeren waardoor ze Anders uit het oog verliezen. Zij kan teleporteren en gered worden. Samen besluiten Cutter en Anders om de volledige vloot te vernietigen door een supernova te veroorzaken door de reactor van de Spirit of Fire in de artificiële zon te sturen. Alvorens ze dit plan kunnen uitvoeren, worden Forge en de Spartans aangevallen door de Arbiter en zijn Elites. De Spartans kunnen de Elites verslaan en Forge doodt de Arbiter, waardoor de Covenant later een nieuwe Arbiter krijgen welke nu zo bekend is. Tijdens het gevecht wordt de reactor beschadigd waardoor hij niet meer automatisch kan opgeblazen worden. De reactor moet dan ook manueel opgeblazen worden en de persoon die dat doet pleegt eigenlijk zelfmoord. Forge biedt zich aan voor deze missie omdat hij de Spartans wil sparen. Zij zijn namelijk nodig om de Covenant te verslaan in de toekomst.

Terwijl de Spirit of Fire ontsnapt, blaast Forge de reactor, de zon, de planeet en de vloot op zodat de Covenant dit plan niet meer kunnen uitvoeren. Zonder hun 'Shaw-Fujikawa Translight Engine' reactor is de Spirit of Fire echter relatief traag en het schip zwerft doelloos door de ruimte terwijl de crew in een cryogene slaap wordt geplaatst. Ze belanden voor onbepaalde tijd in zo'n diepe slaap. Uiteindelijk maakt de Spirit of Fire AI Serina de kapitein Cutter wakker met de boodschap dat er iets gebeurd is. Wat er gebeurd is, ontdekken we echter nooit. Microsoft maakt hier schijnbaar ruimte voor een Halo Wars 2, maar nu is het afwachten of deze komt. In 2534 meldt de UNSC dat het schip definitief verloren is en dat iedereen aan boord dood is. Op deze manier verloor men opnieuw drie Spartan-IIs, namelijk Douglas-042, Jerome-092 en Alice-130.

Aan het einde van diezelfde oorlog moet Navy luitenant Jacob Keyes opnieuw in actie schieten in Halo: The Cole Protocol. Samen met tientallen andere UNSC medewerkers moet hij alle data vernietigen die kan verwijzen naar de locatie van de Aarde en diens meest nabije kolonies, en dus het Cole Protocol uit te voeren. Het boek speelt zich af tussen 2534 en 2536, maar een exacte datum geeft dit boek niet. Het boek begint met een aanval van de Kig-Yar op de Insurrectionist asteroïdebasis Rubble. De Jackals proberen de navigatiedata van Ignatio Delgado en Melko Hollister die op de basis leven, te stelen. Met deze data zouden de Covenant de Aarde kunnen vinden. Delgado vindt dan ook dat ze de data met hun leven moeten beschermen. Terwijl Delgado de Jackals probeert te verslaan, stuurt hij Hollister weg met de data. Die wordt echter neergeschoten. Delgado aan de andere kant wordt gered door de Spartan-II Adriana-111 van Gray Team.