In Rune Factory Frontier speel je opnieuw de avonturier en boer Raguna. Hij reist naar een nieuw land om het te temmen. Hij verkent deze nieuwe wereld en ontdekt verschillende grotten met monsters die hij moet verslaan. Ondertussen moet hij op zijn boerderij groenten telen en dieren verzorgen. In deze wereld bevinden zich ook vier types geesten waarbij je een balans moet bereiken om je groenten beter te laten groeien.