In 2004 verwierf Sega voor het eerst de rechten om Sports Interactives Football Manager uit te geven. Toen verscheen de game enkel op PC. Nadat er ook een MAC versie is verschenen komt het spel ook nog eens naar de PSP en Xbox 360.

Mindere managers kunnen nu in het midden van de match hun tactiek bijsturen, tijdens het spelen kun je ook je spelers gidsen. Op het einde van de match kun je nu ook praten met je team om hen te motiveren door hen op te beuren na een nederlaag of hen een schouderklopje te geven na de match.

De commentaar op de game is ook lichtjes veranderd, er zal nu meer tekst zijn. Tussen matchen door krijg je ook uitgebreide informatie over vorm van de spelers en blessures. Je krijgt ook informatie over andere clubs maar je kan zelf instellen welke je krijgt. In januari zal er ook een gratis update verschijnen om de game bij te werken met de nieuwste transfers.

Bekend is geworden dat een harde schijf een vereiste is om je progressie van Football Manager 2006 op te kunnen slaan. Een memory card is dus niet voldoende om bij te houden hoe ver je was.