In 2004 eindigde de Fullmetal Alchemist animatieserie met een open einde waardoor een vervolg niet kon uitblijven. Midden 2005 kwamen Bones en Square-Enix met de film Fullmetal Alchemist: Conqueror of Shamballa, een spektakel van honderd minuten dat een einde breit aan de serie.

De film begint met Edward die vertelt over een voorheen onbekend avontuur van hem en Al, zijn broer die hij sterk mist. Edward bevindt zich niet meer in Amestris, maar in een parallelle wereld. Conqueror of Shamballa speelt zich namelijk af in onze wereld in het jaar 1923. Hij leeft hier samen met Alphonse, een wetenschapper die het evenbeeld van Al is. Op een dag komt hij de zigeuner Noa tegen wat een belangrijk plot in werking stelt. De gebeurtenissen van Conqueror of Shamballa spelen zich af tegen de achtergrond van de Bierkellerputsch, een belangrijke historische gebeurtenis waarbij Hitler en de Nazipartij met Rudolph Hess en Karl Haushofer de macht proberen te grijpen in de Weimarrepubliek. De Jodenhaat, de economische problemen en andere belangrijke historische factoren maken dan ook een verschijning in de film.


Ze worden echter aangevuld met een plot waarbij de Nazitroepen proberen om Shamballa te bereiken. Shamballa is hun naam voor de wereld van Edward en met de hulp van een legertje wandelende harnassen proberen de Nazi's die wereld te veroveren. Gelukkig zijn er Edward en Al om alles recht te trekken en ondertussen Edward terug naar zijn wereld te krijgen. Het verloop van de film toont allerlei belangrijke en minder belangrijke personages uit de originele serie. Hughes en Glacier verschijnen bijvoorbeeld in onze wereld in zeer gelijkaardige vorm. Ook de resterende Homunculi verschijnen en ze spelen een grote rol in het verhaal. Het plot voelt iets te slap aan in vergelijking met de serie, maar alle losse eindjes worden opgelost met enkele hartverwarmende momenten en een groots, teleurstellend einde.

Alle stemmen uit het origineel zijn terug in oude en nieuwe rollen, Hidekatsu Shibata (Third Hokage in Naruto) kruipt bijvoorbeeld nu in de huid van de Jood Mabusa die in het echte leven Joods filmmaker was, in plaats van King Bradley. L'Arc~en~Ciel, de groep van Ready Steady Go, heeft twee nieuwe nummers afgeleverd voor Conqueror of Shamballa. Het openingsnummer Link zorgt dankzij zijn nostalgische tekst en beelden de link tussen Conqueror of Shamballa en de serie. Lost Heaven is de perfecte afsluiter hoewel het spijtig is dat deze niet begeleidt wordt door afsluitende beelden, maar enkel de credits. Tijdens de scène met de zigeuners aan de start van de film wordt Kelas gespeeld, een ander mooi nummer. De muziek is in het algemeen van hoge kwaliteit, wat grotendeels te danken is aan Michiru Oshima die bijna alle nummers maakte.


Conqueror of Shamballa heeft een hoger budget dan de Fullmetal Alchemist serie. Dat valt op, de animatie is een pak scherper en de film heeft een zekere grandeur in vergelijking met de serie. Het visuele schouwspel van Conqueror of Shamballa en de bijbehorende muziek zijn dan ook van hoog niveau. Het verhaal van Conqueror of Shamballa is echter de zwakke plek van Fullmetal Alchemist. Enkele verhaallijnen van Fullmetal Alchemist worden mooi opgelost, het einde van Wrath en het open einde van Dante en Gluttony wordt mooi aangepakt. Ook de belangrijkste verhaallijn, die van Ed en Al, kent een sterk einde. De verzonnen vijanden van de Thule Society zijn echter zwak uitgewerkt en het einde van Winry en Ed is deprimerend. Dit zorgt ervoor dat Conqueror of Shamballa geen voltreffer is. Deze film is enkel voor zware Fullmetal Alchemist fans.