Ar Tonelico 2 verplaatst de speler opnieuw naar de planeet Ar Ciel, maar ditmaal speelt de game zich af in een andere regio. In deze regio heerst een epidemie en de hoofdrolspeler Chroah moet deze epidemie onderzoeken. Ar Tonelico is een traditionele RPG met turn-based gevechten. Deze gevechten tellen twee fases, de aanval en de verdediging. Tijdens de verdediging kun je verdedigende magie gebruiken.