Tomy heeft naast de drie Naruto Gekitô Ninja Taisen games op GameCube en enkele platformers voor GBA en NDS ook twee Naruto RPGs uitgebracht, eentje voor de GBA en eentje voor de DS. Daar komt binnenkort nog een derde RPG bij, Naruto RPG 3: Reijuu vs Konoha Shoutai.

De game wordt een traditionele RPG waarbij het touchscreen wordt gebruik voor het managen van je team. De game is geen deel van de verhaallijn van de serie, maar draait rond een jonge vrouw genaamd Nazuna die de hulp van Konoha nodig heeft voor een S-Rank missie. Zij heeft namelijk last van de Mu, een groep ninja's die meevochten in 'The Great Shinobi Wars'. Voor je team heb je de keuze uit allerlei genin, Anbu en Jiraiya.