Sinds de intrede van de SNES heeft Chunsoft een reeks RPGs gemaakt met als naam Fushigi no Dungeon of Mysterious Dungeon. Nu werkt Chunsoft aan twee Mysterious Dungeon games in samenwerking met Nintendo, gebaseerd op de Pokémon franchise.

De hoofdrolspeler in de game gaat op een avond rustig slapen en wanneer hij wakker wordt, beseft hij dat hij veranderd is in Pokémon. Welke soort Pokémon wordt bepaald aan de hand van enkele vragen, zo bepaal je dus zelf wat voor Pokémon je wordt aan de hand van je karakter.

Daarna moet je twee partners kiezen voor je Pokémon Rescue Squad. Je taak is vanaf dat moment om een oplossing te zoeken voor je probleem en allerlei Pokémon helpen. Daarvoor moet je de Mysterious Dungeon doorlopen waarvan elke vloer willekeurig wordt bepaald qua vorm. Je zal er ook veel Pokémon tegenkomen, zowel vijandelijke als vriendelijke. De game bevat alle Pokémon dus het duurt wel even eer je ze allemaal tegengekomen bent.

Buiten de Dungeon kun je nieuwe voorwerpen kiezen, praten met Pokémon en anderen vragen om je te helpen. Er zal ook een unieke multiplayer aanwezig zijn. Als je sterft tijdens de game, kun je een paswoord versturen naar een andere speler in de buurt die daarna simpelweg je kan komen redden met zijn Rescue Squad. Dit werkt voor de Nintendo DS en Game Boy Advance versie van de game.