Prototype volgt het verhaal van Alex Mercer, een man die problemen heeft met zijn verleden en een geheime oorlog voert in New York. In de stad woedt er een oorlog tussen drie facties namelijk de Held (Alex Macer), het Leger en het Virus. Elk van deze groepen controleert een bepaald deel van de stad. Je moet echter niet altijd een actieve rol spelen in deze oorlog, je kunt ook toekijken hoe de twee andere groepen elkaar aanvallen. Het spel verschijnt in de loop van 2008 voor PC, Xbox 360 en PS3. Deze vier screens werden vrijgegeven.

Update:

Wij zijn de vervelendste niet en gooien er met dank aan [b]Sasuke[/g] nog een Developer Diary tegenaan.