Op de GameCube waren Metroid Prime 1 en 2 van Retro Studios enkele van de weinige veelbelovende games die hun hype waargemaakt hebben. Het was dan ook een goede E3 2004 toen Metroid Prime Hunters werd aangekondigd voor de Nintendo DS.

De singleplayer van Metroid Prime: Hunters moet allesbehalve lineair zijn. Het verhaal zal zich afspelen tussen Metroid Prime 1 en 2. Er zijn 25 gebieden en 5 planeten die je kunt bezoeken. Het doel is om de Alimbic artifacts te verzamelen maar als een rivaal er eentje kan pakken voor jou, moet je hem terug veroveren van die rivaal.

Als de game een succes wordt, kan het zijn dat er Metroid games verschijnen zonder Samus Aran maar met andere bounty hunters uit Hunters. Elke bounty hunter zal zijn eigen schip en eigen technieken hebben. Zo kan Weavel splitsen in twee delen, één van die delen is een Gun Turret die op alles schiet wat in de weg loopt van het andere deel.

De besturing gaat via het touchscreen. Met het pennetje kan je schieten, de camera draaien of in de Morph Ball veranderen. Volgens Nintendo gebruikt deze game dezelfde sfeer, graphics en geluid als Metroid Prime voor de GameCube. Voor mensen die het touchscreen liever niet gebruiken, kun je gelukkig ook gewoon de andere knoppen gebruiken.