In samenwerking met Capcom ontwikkelt Level-5 momenteel Professor Layton vs. Phoenix Wright: Ace Attorney, een Nintendo 3DS cross-over game waarin advocaat Phoenix Wright en puzzelaar Professor Layton tegenover elkaar staan in een gevaarlijk avontuur.

De twee avonturiers belanden samen in een middeleeuws avontuur dat zich afspeelt in het mysterieuze stadje Labyrinth City, waar ze in contact komen met het jonge meisje Espella Cantabella die beschuldigd wordt van hekserij. Advocaat Phoenix Wright wil haar met hulp van zijn assistente Maya Fey vrijpleiten in de rechtbank waarbij hij geconfronteerd wordt met de speciale wetten van de stad; terwijl puzzelaar en archeoloog Professor Layton het mysterie van het stadje wil onderzoeken met zijn hulpje Luke Triton. Beide heren doen hun uiterste best om Espella te redden, maar ondanks hun gelijklopende doel komen de heren frequent tegenover elkaar te staan door hun uiteenlopende methodes en manieren. Wie zal uiteindelijk erin slagen om Espella te redden, of moeten beide heren hun geschillen uitklaren om de jongedame samen te redden? Je ontdekt het in Professor Layton vs. Phoenix Wright: Ace Attorney.


De verschillen tussen Professor Layton en Phoenix Wright vertalen zich ook rechtstreeks in de gameplay, die opgedeeld is in twee totaal verschillende onderdelen. De game is namelijk opgedeeld in 'Adventure' waarin je Professor Layton onder de knoppen krijgt; en 'Witch Trial' waarin Phoenix Wright centraal staat op het proces. De gameplay is vergelijkbaar met de gameplay van de originelen, maar met subtiele aanpassingen die voor een andere ervaring zorgen. In de Adventure levels verkent Layton de stad waarbij hij kan spreken met de mensen die er rondlopen, en objecten kan onderzoeken. Dit leidt naar hints voor het oplossen van het plot, en naar puzzels die vergelijkbaar zijn met de puzzels uit voorgaande delen. De gameplay is hierbij gebaseerd op Professor Layton and the Miracle Mask, maar met één belangrijke wijziging. Er zullen nu ook puzzels aanwezig zijn zonder oplossing waarbij je 'Object' moet roepen zoals bij Ace Attorney.

De Witch Trials vertonen dan weer een ingrijpender verschil met de originele games. Het is nog steeds de bedoeling om getuigen te ondervragen, waarbij je moet zoeken naar tegenstellingen in hun uitspraken en hen moet confronteren met bewijsmateriaal dat aanduidt dat ze liegen. Als je een kans mist of het foute bewijsmateriaal toont, verlies je een punt en als je punten op zijn, dan verlies je. Op dit punt blijven rechtszaken dus hetzelfde, maar er is ook een groot verschil. Je moet nu meerdere getuigen tegelijkertijd ondervragen waarbij je ook reacties van andere getuigen moet observeren om eventuele tegenspraken aan het licht te brengen. Op deze manier wilde men beter de echte rechtszaken van vroeger nabootsen. Ook nieuw is de mogelijkheid om Hint Coins te gebruiken zoals in Professor Layton, zodat je niet vast komt te zitten.


De ontwikkeltaken werden verdeeld tussen Capcom en Level-5 waarbij Capcom verantwoordelijk was voor de 3D artstijl terwijl Level-5 de gameplay verzorgde. Animatiestudio Bones werd ingehuurd voor de productie van de tussenfilmpjes, welke volledig zijn ingesproken. De Layton en Ace Attorney franchises zijn dus volledig geïntegreerd ondanks het feit dat Ace Attorney nooit 3D graphics of voice-acting kende voor de productie van Professor Layton vs. Phoenix Wright: Ace Attorney begon, wat meteen duidelijk maakt dat Capcom er zich niet gemakkelijk vanaf wilde maken. De cross-over game is wel degelijk een volwaardig avontuur voor beide ontwikkelaars, waarbij het resultaat binnenkort zichtbaar is. De game ligt op 28 maart in de Europese winkelrekken, waarna de game wordt uitgebreid met gratis downloadbare content waaronder een compleet nieuwe verhaallijn. Het uitspelen van de game is dus nog maar het begin van je avontuur.