In de niet zo verre toekomst wordt de mensheid van de aarde verdreven nadat ze de strijd tegen de indringers, de zogeheten NA:tives, hebben verloren. Om de aarde terug te winnen wordt Eve ingezet en ze zal het op moeten nemen tegen de sterke vijanden die de aarde over hebben genomen.
Naarmate je verder komt in de game verwerft Eve nieuwe vaardigheden en items waardoor ze sterker zal worden. Door in gevechten te pareren en te ontwijken vergaar je Beta Gauge die je in kunt zetten om je vaardigheden te gebruiken, denk aan het onderbreken van vijandelijke combo's of het inzetten van een superpantser.