Jak en Daxter zijn de platformhelden op de PlayStation 2. Naughty Dog's kinderen doen al mee aan hun derde game. Deze game zal eindelijk de Jak and Daxter trilogie afsluiten die begon toen Daxter in een vat Ecco viel en werd omgevormd tot het wezen dat hij nu is.

Het verhaal speelt zich een jaar na Jak II af. Toen redden Jak en hulpje Daxter Haven City van de vreselijke Kor en zijn Metal Heads. Er heerst echter nog altijd chaos in Haven City, drie groepen vechten om de controle over de stad te krijgen. De mensen in de stad denken dat Jak slecht is wegens zijn Dark Ecco's krachten. Jak wordt beschuldigd van samenwerking met Kor en de mensen zeggen dat de stad in chaos is door hem.



Wanner het paleis wordt verwoest door een aanval van Metal Heads, beginnen de problemen voor Jak pas echt. Zelfs Ashelin kan hem niet meer beschermen. Count Verger, voorzitter van de High Council, verbant Jak naar de woestenij buiten de stad. Die woestenij is vijf keer groter dan Haven City. Jak is echter niet alleen, Daxter en Pecker zijn hem gevolgd zodat hij niet alleen moet blijven. Samen zwerven ze door de woestijn buiten Haven City.

De woestenij zal ongeveer vijf keer groter zijn dan de enorme stad uit het vorige deel. In het begin zul je natuurlijk nog niet overal kunnen raken. Zandstormen blokkeren namelijk die gebieden. Onderweg zul je ook moeten oppassen voor bandieten die er met je voertuig vandoor gaan. Het gebied bestaat uit meerdere delen zoals een mijn en een vulkaan. Er is ook een stad in de woestijn, Spartus.



Je zult natuurlijk ook in Haven City kunnen spelen. Nadat de oorlog vordert, zul je geleidelijk aan toegang tot de stad krijgen die veel kleiner is dan in Jak II. Dit komt omdat de stad deels vernield is. Zo zul je het paleis nog amper herkennen. De stad is verdeeld in verschillende delen. Er zijn drie fracties in de stad: de Metal Heads, de 'mensen' en de Krimzon Guard. Als je crasht in het verkeerde gebied, zul je moeten vechten want alleen de mensen vallen je niet aan.