Op 15 mei trommelt Abraham Lincoln een team getalenteerde agenten op om een buitenaardse invasie af te weren. Code Name: S.T.E.A.M. ondersteunt hierbij amiibo. Spelers kunnen de hulp inroepen van de Fire Emblem-amiibo Marth,
Ike, Robin en Lucina, die de spelers als speelbare personages kunnen gebruiken in het gevecht en hun Fire Emblem-wapens tegen de aliens kunnen inzetten.